病毒复制快变异快，和身体细胞关系密切，甚至有可能跟细胞的DNA结合在一起，终生相伴，普通针对病毒的药物很难不伤害到细胞，这些都是治疗病毒时面临的很大的困难。直到现在，国内外还没有根治乙肝的有效方法。

　　一旦自身免疫系统无法阻击病毒的入侵，那么把握住病毒的规律，抗病毒治疗仍然有章可循，从病毒的特点入手禁止病毒入内，卡住病毒的复制，阻止病毒蛋白质的产生，遏制病毒的逃逸途径，以及避免病毒的抗药性等方面许多科学研究都在展开。

　　目前国际公认比较好的、临床应用最成功和最广泛的是干扰素治疗和核苷类似物的拉米夫定疗法，但有这两种疗法有严格的适用状况，而且用药时间长、完全治愈的可能性很低，只能有一部分人达到大三阳转小三阳、DNA转阴这样的清除血内病毒的作用，而且有一定副作用。拉米夫定可能导致病毒变异，从而使拉米夫定失效。这两种药停药不慎的话可能有激烈的病情反弹。所以科学家们正在积极的寻求它们的姊妹药物，一些已经进入三期临床试验。2004年10月29日至11月2日在波士顿召开的国际肝脏病学年会以较多的篇幅对病毒性肝炎抗病毒治疗进行了报道，一改过去对肝炎治疗较为沉闷的局面，抗病毒治疗的涉及面广，杂色纷呈。由于目前抗HBV的药物疗效有限，很多学者都认为今后的发展方向为联合治疗，这也是今后研究的重点